手持式光譜儀雖然本身測量準確度很高，但測定試樣中元素含量時，所得結果與真實含量通常不一致，存在一定誤差，并且受諸多因素的影響，有的材料本身含量就很低。
手持式光譜儀系統誤差的來源有：
(1)標樣和試樣中的含量和化學組成不*相同時，可能引起基體線和分析線的強度改變，從而引入誤差。
(2)標樣和試樣的物理性能不*相同時，激發的特征譜線會有差別從而產生系統誤差。
(3)澆注狀態的鋼樣與經過退火、淬火、回火、熱軋、鍛壓狀態的鋼樣金屬組織結構不相同時，測出的數據會有所差別。
(4)未知元素譜線的重疊干擾。如熔煉過程中加入脫氧劑、除硫磷劑時，混入未知合金元素而引入系統誤差。
(5)要消除系統誤差，必須嚴格按照標準樣品制備規定要求。為了檢查系統誤差，就需要采用化學分析方法分析多次校對結果。
